《文豪野犬》第三季的故事继续以现代横滨为背景，讲述了被孤儿院遗弃的少年中岛敦与一群个性独特的男子们相遇后所展开的一系列冒险和战斗。在第三季中，武装侦探社与港口黑手党之间的休战协定仍在继续，同时横滨也面临着新的危机和挑战。

本季的主要剧情包括：

与“组合（Guild）”的战斗：

中岛敦与芥川龙之介等人在与自大国袭来的“组合（Guild）”之间的巨大异能战争中取得胜利，宣告了这场战斗的结束。

海外犯罪组织的威胁：

横滨表面上恢复了平静，但海外犯罪组织的流入传言以及“组合（Guild）”残党的影子仍然若隐若现，给这座城市带来了新的不安。

太宰治的担忧：

太宰治对于“魔人”的觉醒和新的灾厄开始感到担忧，同时也在关注着暗渠中蠢蠢欲动的盗贼团“死屋之鼠”头目费奥多尔·D的动向。

武装侦探社与港口黑手党的关系：

尽管面临种种危机，武装侦探社与港口黑手党之间的关系仍在继续，并在保卫横滨的过程中发挥了重要作用。

日常与非凡：

在经历了种种战斗和危机之后，横滨的日常生活也在继续，展现了角色们之间的深厚情谊和成长。

这些剧情线索构成了《文豪野犬》第三季的主线，同时也为观众带来了紧张刺激的冒险和丰富的人物塑造。